Durante la década de 1930 el rector de la Universidad Nacional Autónoma de México, Luis Chico Goerne, tuvo la gran idea de que su institución contara con su propio equipo de fútbol amateur para participar de la Liga Mayor del Distrito Federal, pero dicha propuesta fue rechazada.
En 1940, con Gustavo Baz como rector y bajo el comando y la preparación de Rodolfo «Butch» Muñoz, que todavía era jugador activo del Club España, se formó un equipo universitario con jugadores surgidos de las distintas escuelas y facultades de la Institución. Este conjunto universitario fue un animador constante dentro de los torneos nacionales estudiantiles. «Butch» se mantendría en su puesto durante 13 años, las cuales fueron un preludio exitoso con vistas a la aceptación en el profesionalismo. Hasta ese momento, el equipo de la Universidad Nacional continuaba en la liga amateur.
El 2 de agosto de 1954 se considera como fecha de fundación formal del Club Universidad.
Poco tiempo después, el 31 de agosto fue aceptado en la Segunda División de México. Esta incorporación se logró gracias a las gestiones del Rector Nabor Carrillo y del Ingeniero Guillermo Aguilar Álvarez. Este último, luego fue nombrado presidente como reconocimiento por su apoyo hacia los jugadores en todo momento.
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En Monterrey, el 12 de septiembre de 1954, los universitarios jugaron su primer partido en la división de ascenso. Sin obtener buenos resultados durante tres años, el equipo solicitó a la liga ausentarse de la competencia durante un año, con el propósito de restructurarse.
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Es así como en la temporada 1958-59, bajo la dirección técnica de Héctor Ortiz y apoyados por el Patronato de la UNAM, se sembraron las bases para lo que luego sería la obtención del ascenso de 1962.
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