La temporada 1906/07 fue nuevamente pobre para el FC Barcelona, sumado esto a problemas con la dirigencia de la Asociación de Clubs ya que desde comienzos estaba totalmente en contra de dejar jugar en sus equipos a los protestantes y que el Barça fue fundado por un grupo de ellos y que seguía habiéndolos. El presidente de la Asociación de Clubs era Llovet, un reconocido antibarcelonista, es por eso que sistemáticamente perjudicaban con sus decisiones al FC Barcelona.
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En la Copa de Catalunya: por motivos de la crisis que azotaba al país, sólo participaron tres equipos: Català, Sporting X, y el FC Barcelona.
En la final entre el FC Barcelona y el Sporting X, iba perdiendo por 3-2 y faltando cinco minutos para terminar el encuentro, se produjo una falta cerca del área del X y fue así como Paco Bru, como marco el empate que daba el título al Barça.
Este gol desencadeno una batalla campal ya que los jugadores del Sporting X aseguraban que el partido ya había finalizado antes del gol. De las palabras se pasaron a los golpes entre los propios jugadores y los espectadores debiendo intervenir la propia policía.
La Asociación de Clubs «naturalmente», hizo lugar a la queja del Sporting X y ordenó la repetición del partido donde el Barcelona no presentó su primera alineación y cayo vencido por 3 a 1.
También en esta temporada el Barça viajó nuevamente a Francia, para jugar dos partidos amistosos, uno contra Cettois, al que venció y nuevamente contra el Stade Olympique de Toulouse, logrando un empate. Pasada una semana, el Olympique viajó a España para la revancha y fue derrotado por 5 a 1.