En 1941 a Huracán se le otorgó el derecho de participar por primera vez en la Copa Adrián C. Escobar, por quedar ubicado dentro de los primeros 7 puestos de la tabla del campeonato.
En dicho torneo perdió la final contra River Plate, que oficiaba de reciente vencedor del campeonato de 1941.
En este mismo año comenzaron las obras en el predio de Alcorta y Luna, el actual Estadio del Club Atlético Huracán.
Luego de un año, en 1942, Huracán volvió nuevamente a dicha competencia, venciendo en los cuartos de final a Newell’s Old Boys por la insólita resolución en diferencia de tiros de esquina (4 a 2), luego de haber igualado 0 a 0, y también en semifinales derroto por 1 a 0 a su clásico rival San Lorenzo de Almagro, en tiempo suplementario.
Nuevamente en la final debio enfrentar a River, pero esta vez Huracán logro un contundente 2 a 0 a , consagrándose campeón de la Copa Escobar por primera vez.
En 1943, Huracán volvió a repetir la historia, luego de dejar atrás a River en cuartos de final, y luego a Independiente, en semifinales para meterse finalmente medirse en la final ante Platense, partido nuevamente definido por diferencia de tiros de equina, al haber finalizado 0 a 0 en tiempo reglamentario. Así fue como Huracán por segunda vez consecutiva, logró alzarse con el trofeo.
En 1944, Huracán nuevamente se pone el título de campeón, esta vez de la Copa de Competencia Británica, donde 16 equipos de Primera División participaron de la misma.
En octavos de final derroto 2 a 1 a Vélez Sársfield, en cuartos a San Lorenzo por 4 a 3 pasando a semifinales y otorgándose la clasificación a la Copa de la República “General Pedro Pablo Ramírez” de 1944. En semifinal venció a Newell’s Old Boys, por 4 a 1, llegando a la final para enfrentar a Boca Juniors.
Finalmente el Globo se impone por 4 a 2, con goles de Norberto Méndez, Natalio Pescia (e/c) y Llamil Simes (2) consiguiendo su sexta copa nacional, consagrándose campeón por tres años consecutivos.
A mediados de la década del ’40, el club fue intervenido por conflictos entre el gobierno argentino y la presidencia de Huracán, bajo las órdenes de Tomas Ducó. Durante esta época, Huracán se mantuvo siempre entre los primeros 5 equipos de la tabla de posiciones teniendo en su equipo a Herminio Masantonio, uno de los mejores futbolistas argentinos de la época.
El domingo 7 de septiembre de 1947, fue el primer partido disputado en el nuevo Estadio Jorge Newbery ( que luego sería rebautizado el 23 de septiembre de 1967 como Tomás Adolfo Ducó), «El Palacio», con una asistencia de más de 80 000 espectadores, donde Huracán venció por 4 a 3 a Boca Juniors.
El debut oficial recién se produciría el jueves 10 de noviembre de 1949, contra el equipo uruguayo de Peñarol de Montevideo, donde el Quemero venció por 4 a 1.
Luego de finalizada la última fecha del Campeonato argentino de 1949, Huracán quedó en el último lugar de la tabla de posiciones con 26 puntos al igual que Lanús, por lo que debieron jugar un partido de desempate de ida y vuelta, para determinar cuál de los dos equipos debía descender hacia la Primera B.
Dada la igualdad que se produjo en 3 encuentros, el 16 de febrero de 1950 se jugó en el estadio de River Plate un último juego, el cuarto. Este se le dio por ganado a Huracán debido a que los jugadores de Lanús se negaron a seguir jugando, en protesta por una decisión del árbitro, con lo que logro mantener la categoría.