1940, U de Chile a Primera División

En 1940 la «U» llegó a la final del Campeonato de Apertura, cayendo derrotado por 3 a 2 ante Colo-Colo. Asimismo de la mano de Luis Tirado y del goleador Víctor Alonso, la Universidad de Chile se adjudicó el campeonato nacional por primera vez en su historia, al terminar con tres puntos de ventaja sobre el Audax Italiano.

A pesar del buen comienzo, durante las décadas de 1940 y de 1950, la Universidad de Chile no brillo por sus grandes campañas, quedando siempre ubicado por la mitad de la tabla de posiciones.

En el campeonato de 1945,​ se ubicó tercero en la tabla y su delantero, el uruguayo Ubaldo Cruche fue el goleador de la temporada, y en el campeonato de 1957, donde logró el subcampeonato nacional.​

En 1958, la U de Chile se destacó en la gira efectuada por el plantel a Bolivia, consiguiendo dos triunfos y un empate.

Ingreso al Profesionalismo de la U de Chile

En 1938, la Universidad de Chile y la Universidad Católica pidieron ingresar a la serie profesional de honor, pero la Asociación Central de Fútbol (ACF), que actuaba como rector del fútbol profesional constituido ese mismo año, informaron que sólo se podía recibir un solo equipo universitario. Para definir cuál de los dos ascendería a primera, se opto para que los dos equipos jueguen en el Campeonato de Apertura de 1938.

El 1 de abril, la Universidad Católica perdió ante Colo-Colo por 2-6, quedando trunca su ascenso a Primera División ese año.

El 17 de abril, la Universidad de Chile se midió ante el Audax Italiano, logrando un empate 1 a 1 en tiempo reglamentario. Al continuar igualados en el suplementario, se definio por muerte súbita, el gol de oro. Finalmente fue el Audax Italiano quien convirtió el gol del triunfo.

Tan buena fue la imagen que dejo Universidad de Chile, que fue aceptado para disputar la Primera División. Fue así como el 29 de mayo de 1938, la «U» de Chile debutó en el fútbol profesional debiendo enfrentar a Magallanes en los Campos de Sports de Ñuñoa, donde fue derrotado por 3 a 1, pero al otro jugo, logró su primer triunfo profesional al derrotar a la Unión Española por 4-3.

En las primeras dos campañas de la Universidad de Chile en el profesionalismo, quedo relegada al séptimo lugar.

1934 – 1937, La historia de la Universidad de Chile

El Club Deportivo de la Universidad de Chile

El 8 de abril de 1934, se impulso una reestructuración interna organizada por la Universidad de Chile con el fin de apropiarse del Club Universitario de Deportes, mediante el Decreto N.º 72, con lo cual el club pasó a llamarse definitivamente Club Deportivo de la Universidad de Chile.

En ese momento, la prensa y documentos oficiales registraban al equipo de fútbol con el nombre de «Universitario» o «Universidad». tambien su su uniforme se modifico, donde la camiseta titular dejo de ser blanca para pasar al azul, color que se ha mantenido a lo largo de los años futuros, con la inscripcion de la letra «U» blanca en el pecho, como era costumbre en la indumentaria de los universitarios, a su vez el pantalón era blanco y las medias de color negro con franjas azules.

En ese año, además, se creo una Sección Profesional y de una Sección Amateur, en la AFS, donde el club permaneció en esta última, coronandose campeón invicto de la División de Honor. debiendo representar a Santiago en el Campeonato Nacional Amateur de Chile 1935, donde se coronó subcampeón al perder la final contra San Enrique de Iquique por 1-3.

En 1935, la U de Chile se integró a la Serie B Profesional de la AFS, conformada por los clubes eliminados del torneo profesional de Primera División de 1934, más Universidad de Chile en calidad de campeón de la Sección Amateur.

En el primer campeonato disputado dentro de esta categoría, el club sólo quedo en la tercera posición. En el próximo año, la «U» obtuvo el campeonato de la Serie B, y en 1937 fue campeón invicto, con la goleada más abultada de su historia al derrorar a Santiago Morning «B» por 14-1, el 17 de octubre.

1928 – 1933, La historia de la Universidad de Chile

El Club Universitario de Deportes de Chile

En 1928, cuando por más que Universitario había terminado en la cuarta posición de la Serie E de la Primera División, la Liga Central determino que el club debía disputar otra nueva competencia, en la que los mejores posicionados podian seguir participando en la máxima categoria del fútbol amateur de Santiago. Debido a esto, una serie de apelaciones fueron presentadas por varias clubes, entre ellos Universitario y Sport Français, por lo que se resolvió readmitir a algunos equipos que habían no habian sido considerados previamente, y tambien dejar sin efecto los encuentros de definición.

Es así como fueron organizadas tres divisiones con ascensos y descensos, pasando Universitario a la Segunda División de la Liga Central.

El 3 de marzo de 1930, luego de una reunión entre los representantes del Club Universitario de Deportes, de la Federación Deportiva de la Universidad Católica y de la Federación Deportiva de la Universidad de Chile, concordaron en el reconocimiento y refundación de la Confederación Universitaria de Deportes en el Club Universitario de Deportes de Chile (CUD). Tambien en 1930, el club Universitario logró la tercera posición de la Segunda División de la ahora llamada Asociación de Football de Santiago, luego de caer en la definición por el ascenso frente a Carlos Walker y Carioca.

En 1931 estuvo cerca nuevamente de conseguir el ascenso, sin embargo, debió resignar sus opciones al finalizar en la segunda ubicación del torneo, por detrás de Carioca.

En 1933, gracias a que varios clubes que se retiraron para crear la Liga Profesional de Football de Santiago (LPF), Universitario pasó a formar parte de la División de Honor de la Asociación de Football de Santiago.

1927- 1928, La Fundación del Club Universidad de Chile

El 24 de mayo de 1927, se realizó la junta general anual del Internado Football Club, dentro de El Diario Ilustrado, además de los representantes del Club Náutico Universitario, Club Atlético Universitario, y de la Federación Universitaria de Deportes.

En dicha asamblea, Arturo Flores Conejeros el actual presidente del Internado F. C., propuso cambiar el nombre de la institución por el de «Universitario», en el que tuvo una aceptación unánime.

Posteriormente, fue nombrada la comision directiva destinadas a expandir lo s horizontes del club, especialmente dentro de las escuelas de la Universidad de Chile. Se nombró un comité encargado de las bases, reglamentos y estatutos de la nueva entidad, para luego elegir un directorio.

ESte comité lo conformó: Arturo Flores Conejeros, Darío Sainte-Marie, Pablo Sainte-Marie y Alfredo Nazar, los cuales reglamentaron el fútbol, el atletismo, la natación y la Federación.

Actualmente, la concesionaria del club, Azul Azul S.A., considera al 24 de mayo de 1927 oficialmente como la fecha fundacional del club. sin embargo, algunos autores, rechazan se haya creado el club ese día, señalando como válido el 20 de mayo de 1902 o el 25 de marzo de 1911, con el discurso de que no es una nueva institución, sinó que el Club Universitario de Deportes corresponde a la misma entidad con el Internado Football Club.30​

Dicha afirmación, se basa en varias notas de los medios de comunicación de la época en los que se hace referencia al cambio de denominación de la institución, de Internado a Club Universitario de Deportes, así como a la conmemoración de su aniversario número 25 durante mayo de 1927.

El 19 de abril de 1927 se funda la Liga Central de Fútbol de Santiago (LCF), producto de la fusión de la Liga Metropolitana de Deportes, la Liga Santiago de Football, la Liga Nacional Obrera de Football y la Asociación Santiago de Football. Donde en su primera edición se conformo por 78 equipos, divididos en nueve series de Primera División, y donde los tres últimos de la tabla de posiciones de cada grupo serían desafiliados de la competición.

El Internado Universitario fue ubicado en la Serie F45​ y terminó en la séptima posición, con cuatro puntos en total, por lo que debian desafiliarlo. Sin embargo, tras una apelación presentada el club a la Federación de Football de Chile, el equipo fue admitido formalmente en la Liga Central de Football el 16 de enero de 1928, siendo reinscrito el 10 de abril.​

Ese mismo año sucedieron otros dos hechos importantes en la historia de la institución: el 15 de julio, en un encuentro frente a Unión Condell, fue la primera vez que el equipo lució la insignia del chuncho, la cual fue aceptada de común acuerdo por los integrantes del club al ser aportada por el Club Náutico Universitario; mientras que en el plano institucional, el 29 de octubre, se efectuó la materialización e inscripción legal del club ante notario, como Club Universitario de Deportes de Chile.

Los diez primeros socios fueron: Arturo Flores Conejeros, Óscar Castro V., Santiago Rebolledo E., Luis Tisné Brousse, Carlos Lund E., Eduardo Salgado C., Óscar Palma S., Raúl Vera I., Roberto Martínez R. y Eugenio Ampuero