El 30 de marzo de 1900 y por iniciativa de Enrique Lichtenberger, el fundador del Albion Football Club, se reunieron en su oficina de Ciudad Vieja los representantes del Albion, del Uruguay Athletic —otro distinto al fundador de Nacional—, del Central Uruguay Railway Cricket Club y del Deutscher Fussball Klub para da vida a la llamada The Uruguay Association Football League junto a su estatuto.
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Inmediatamente Nacional solicito particiar de la misma, pero no logró ser aceptado debido a dudas sobre el poderío deportivo de los futbolistas uruguayos.
Ese mismo año, se unirían al plantel de Nacional los hermanos Amílcar, Bolívar y Carlos Céspedes que por su entrega y jerarquia pasaria a ser llamado informalmente como «El club de los Céspedes». Para este momento, a Nacional se le brindaron las instalaciones del Parque Central en las afueras de Montevideo.
Un año despues de la creacion de «The Uruguay Association Football», el 22 de marzo de 1901 Nacional volvió a solicitar su ingreso a la Football League. Finalmente fue aceptada, casi al mismo tiempo en que la Liga Argentina invitara al club a participar de la misma, a sabiendas de su situación, pero que Nacional habia rechazado.
Fue así como el Club Nacional de Footbal debuto en el Campeonato de 1901, finalizando vicecampeón, con cinco victorias, dos empates y solo una derrota.
Se debió exigir en las reuniones de la Liga que las sesiones se llevaran a cabo en el idioma oficial el país, ya que las mismas transcurrían en inglés.
