Durante el proceso reconstructivo del Madrid en la década del 40, posiblemente el más difícil a nivel institucional, se sucedieron dos importantes acontecimientos para la historia del club.
El 13 de junio de 1943 se logró la mayor goleada de su historia frente al C. F. Barcelona. Puedes leer aquí: El escándalo de Chamartín, la mayor goleada de la historia de los clásicos.
El 15 de septiembre del mismo año, por unanimidad se nombró al exfutbolista y ex entrenador Santiago Bernabéu como presidente del Madrid. A muy poco de perder la categoría en la temporada 1947-48, la revolucionaria táctica «WM» (creada por Herbert Chapman) lo ayudo al entrenador inglés Michael Keeping a salvar al equipo del descenso, terminando en la undécima posición, una de las peores que se recuerden.
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En los años que siguieron el Madrid paso desapercibido en logros futbolísticos pero avanzo como entidad polideportiva de renombre en España, y comenzó a moldear la idea de construir un complejo polideportivo acorde con dicha expansión. Un lento proceso de reconstrucción luego de la Guerra Civil Española el presidente Bernabéu decidió construir en los terrenos ubicados al «Estadio de Chamartín» un nuevo recinto, el Estadio Real Madrid Club de Fútbol o «Nuevo Estadio de Chamartín».
Con la llegada del nuevo estadio, se crea la Agrupación Deportiva Plus Ultra con el fin de buscar nuevos futbolistas, prepararlos, y luego incorporarlos al primer equipo. Se crearon acuerdos con varios clubes madrileños que actuaban como cantera desde 1920 a cambio de elementos deportivo y diversas ayudas para sus desarrollos, hasta que en 1947 la A. D. Plus Ultra pasó a convertirse en su primer filial de manera oficial y exclusiva formalizando así sus categorías inferiores.
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Bajo la presidencia de Bernabéu, el Real Madrid vivió su «primera época dorada», por la cual logro un gran crecimiento institucional y social que aportó significativos ingresos económicos éxitos deportivos.