Considerando su buena trayectoria hacia el año 1960, se le otorgó al Cruz Azul el derecho de afiliarse a la liga de fútbol mexicana de segunda división para la temporada 61-62.
En los inicios de esta nueva etapa en la Segunda División y con el apoyo de Guillermo Álvarez Macias, se conformó un cuerpo directivo con la participación del Doctor Carlos Garces López como presidente, Fernando Rojo Bocanegra como secretario y tres vocales: Cirilo Cuevas Saldaña, Ángel Sánchez Hernández, y Domingo Ávila.
En las filas del primer equipo habían jugadores como Roberto Díaz, Melesio Galván, Cesar Gamboa, Porfirio Gutiérrez, Víctor Arellano, Enrique López, Juan Díaz López, Enrique López, Gonzalo Pérez, Jorge Soria, Roberto Reynoso, Alfonso Vergara, José Luis Sánchez, Luis Velázquez y Felipe Torres, todos dirigidos por Paulino Sánchez.
Cuando la Federación Mexicana de Futbol les anuncio su intervención en la Segunda División de forma oficial, los directivos del Cruz Azul decidieron reforzar al plantel, buscando jugadores en la región de Hidalgo, como José Guadalupe Díaz, Pedro Ferreira, Jaime Lomeli, Felipe Negrete,Ramón Ibarra, Gabriel Peña, y Rogelio Alba.
Como los futbolistas de esa época corrían a gran velocidad, los lugareños empezaron a llamarlos «Liebres» de Cruz Azul, nombre que sigue al equipo como un símbolo y sello característico.
Durante la Temporada 62-63, el Cruz Azul formó un equipo sumamente profesional, contando entre sus integrantes del plantel además de sus jugadores, con un director técnico, preparador físico, un masajista, un médico, un psicoanalista, un kinesiterapeuta y un utilero.
En 1963, ingresaron nuevos jugadores como es el caso de: Rogelio Alba, Raúl Arellano, Ramón Ibarra, Roberto Muciño, Rafael Padilla, Héctor Pulido, Félix Cárdenas y a finales de 1963 Fernando Bustos, así como el entrenador húngaro Jorge Marik Puskas, logrando un 5to lugar y para el próximo torneo 63-64, las expectativas según los expertos eran muy pocas para un joven plantel.
