Como ya explicamos en: «La Historia del Club León, su Fundación» entre 1943 y 1944 durante en la primera temporada de la reciente Liga Mayor, no hubo equipo representativos de Guanajuato. Esto motivo para la siguiente temporada que se incluya un club de la región, creándose a partir de una solicitud del Unión de Curtidores, que se fusionó con la Selección de Guanajuato bajo el nombre de Unión-León.
Es así como la actual directiva del momento, comenzó a vender bonos de diversos valores al público para cubrir los gastos que implicaba mantener al equipo León en la máxima categoría. Con todo el dinero que se juntó, la directiva logró las contrataciones de Joaquín Fuente como director técnico y los jugadores Raúl Varela, Marcial Ortiz, Alfonso Montemayor, Conrado Muñiz, Salvador Ramírez, Vicente Serrano, «Palitos» Ramírez, Pepe Cortés y Duillo Dobles.
Así fue aceptado el Club León para ser parte de la Liga Mayor en su segunda edición de 1944/1945. Al equipo se le sumaron nuevos jugadores extranjeros como los argentinos Miguel Rugilo que actuaría de técnico y portero titular, Bataglia en defensa, y dos delanteros, Marcos Aurelio y Ángel Fernández.
León hace su debut el 20 de agosto de 1944, en el Estadio Patria contra Atlante, que en ese entonces era un club de renombre donde cae derrotado por 5 goles a 3.
En la temporada siguiente de 1945/1946 surge un nuevo equipo en la ciudad: el San Sebastián de León. Durante esta campaña quedan en la en cuarta posición de la tabla entre 16 equipos con: 30 partidos jugados; 17 triunfos, 4 empates y 9 derrotas.
Durante la temporada 1946/1947 se incorporan grandes nombres al Club como Adalberto López, que se convierte en el primer goleador mexicano y del equipo con 33 goles. León tuvo una gran campaña adquiriendo el subcampeonato con 41 puntos, luego de que en última fecha empataran 0 a 0 con Atlante y por un punto de diferencia perdieron el título.
Durante la definición de este campeonato, se presentó un hecho particular en el juego contra Atlante en el cual se definiría al campeón. Este encuentro debió disputarse en León, pero debido a una epidemia de Fiebre debió ser cambiada la sede. Finalmente el encuentro se jugó en la Ciudad de México el 1 de junio de 1947 en el nuevo Estadio de los Insurgentes (Ahora Estadio Azul) beneficiando directamente al Atlante.
