La Copa Intercontinental actualmente llamada Copa Mundial de Clubes es el máximo trofeo a nivel clubes que enfrenta el ganador de la Copa Libertadores de América con el ganador europeo de la Champions League.
1964
Independiente participo por primera vez de la Intercontinental en 1964, perdiéndola ante el Inter de Milan. Fueron 3 partidos, primero en Avellaneda con victoria del Rojo por 1 a 0, luego la revancha en Italia con victoria del Milan por 2 a 0 debiendo disputarse un tercer partido de desempate. El último partido se lo lleva el Milan por 1 a 0 coronandose campeón del certamen.
1965
Al año siguiente, en 1965 luego de lograr el bicampeonato de América, Independiente debió enfrentar nuevamente al Inter. El partido de ida en Italia fue derrota por 3 a 0, mientras que la revancha en Avellaneda terminó en empate 0 a 0, siendo Inter bicampeón de la copa Intercontinental en la cancha del Rojo.
1972
La Copa Intercontinental 1972, Independiente nuevamente la vuelve a jugar, esta vez su rival era el Ajax de Holanda.
Este Ajax era un equipo integrado por varios jugadores de la Naranja Mecánica, y que más tarde en 1974 sería finalista de la Copa del Mundo de la mano de Cruyff. La serie comenzó con un empate 1 a 1 en Avellaneda. Posteriormente en Holanda, el Rojo cayó por 3 a 0 con goles de Johan Neeskens y los otros 2 de Johnny Rep.
1973
En 1973 fue la cuarta oportunidad en la que Independiente pudo ser campeón del mundo. El rival de turno fue la Juventus Football Club, que pidió que la final se juegue a 1 solo partido en el Estadio Olímpico de Roma. Esto de debia a que en esos momentos había muy mala reputación de los clubes sudamericanos, al punto de generarse violencia en cualquier parte del territorio sudamericano.
Independiente lo venció 1 a 0 con un gol de Ricardo Bochini, con tan solo 19 años, a solo 10 minutos del final. Y así fue que Independiente por primera vez fue campeón del mundo.
1974
Luego la Copa Intercontinental del año 1974 se disputo en marzo de 1975. Bayern Munich, el campeón europeo, rechazó jugar el encuentro, cediéndole su lugar al Club Atlético de Madrid quien se terminó quedando con el trofeo.
1984
En este año Independiente se enfrentó en Tokio al Liverpool Football Club inglés, logrando la victoria por 1 a 0 coronándose por segunda vez en su historia campeón de la Copa Intercontinental.