Crisis institucional y descenso
En 1970, la Universidad de Chile llego a semifinales de la Copa Libertadores, dejando atrás a importantes equipos como América de Cali, Deportivo Cali y Olimpia de Paraguay, también derroto a Nacional de Montevideo en la segunda fase, para finalmente caer ante Peñarol de Uruguay por diferencia de gol.
Mientras tanto, en el torneo nacional de 1970, la «U» de Chile finalizó en tercera posición de la liguilla final, para luego ser subcampeón del campeonato de 1971. Al siguiente año, el equipo terminó en el tercer lugar del torneo de 1972, gracias a los goles del argentino Juan Carlos Sarnari con 20 tantos.
En 1973, Chile es comandado por la dictadura militar, sufriendo reformas administrativas en la Universidad de Chile que impactaron de lleno en el club, haciéndolo caer en una crisis económica y deportiva a fines de la década de 1970.
A partir de allí, la Universidad de Chile entraría un caída libre terminando en posición 13º del torneo local en 1973, como en 1974 y 1975.
A pesar de no lograr el campeonato nacional durante por eso años, en 1976 la «U» fue campeón de la Copa de Ciudades Universitarias, y la Liguilla Pre-Libertadores de ese año, quedando clasificado a la Copa Libertadores 1977.
En 1977, termino en la quinta posición del torneo nacional, y quedo eliminado en fase de grupos de Copa Libertadores. Para ese entonces contaba con figuras internacionales como los argentinos Héctor «Bambino» Veira y Jorge Luis Ghiso. Además ese año quedo eliminado en fase de grupos de Copa Libertadores.
En 1978, se ubicó 7° en el campeonato chileno.
En 1979, la Universidad de Chile se coronó campeón de la Copa Polla Gol al derrotar en la final a Colo-Colo por 2-1.
En 1980, fue subcampeón del campeonato nacional y también ganó la Liguilla Pre-Libertadores nuevamente ante Colo-Colo.
A fin de paliar esta situación que había comenzado con la llegada de los militares al poder chileno, a finales de 1978, el fútbol de la «U» se transformó en la Corporación de Fútbol Profesional de la Universidad de Chile (CORFUCH), entidad privada que el 1 de septiembre de 1980 corto lazos por completo de la casa de estudios fundada por Andrés Bello, conservando solamente el nombre de «Universidad de Chile» como así también sus emblemas.
A pesar de estos intentos de reorganización, continuaron los problemas financieros de la Universidad de Chile sumados a un bajo rendimiento futbolístico, terminando 9º en la tabla de posiciones del campeonato nacional de 1985 y 8º en el campeonato nacional de 1986, a causa de la desintegración del plantel.
Finalmente la «U» toco fondo el 15 de enero de 1989, en la última fecha del torneo nacional de 1988. Tras empatar 2-2 con Cobresal en el Estadio Nacional la Universidad de Chile descendió por primera vez en su historia a la Segunda División.
Durante 1989, en su paso por la Segunda División, bajo la presidencia de Mario Mosquera y Luis Ibarra como director técnico, a pesar de un comienzo difícil, la «U» paso la primera fase del torneo y logró meterse en segunda fase y final jugando diez partidos, de los cuales ganó siete, empató dos y perdió uno.
El 14 de enero de 1990, en el penúltimo partido de su grupo, la Universidad de Chile venció por 3 a 0 a Curicó Unido en el Estadio La Granja, ascendiendo nuevamente a la máxima categoría, la Primera División Chilena de Fútbol. Finalmente también se adjudicaría el título de Segunda División en el Estadio Nacional.