El 20 de febrero de 1907, se inscribió el Athletic Club de Madrid en el Registro de Asociaciones, obteniendo de esta manera su propia personalidad jurídica y diferenciada así de la del Athletic Club, dejando de actuar como una sucursal.
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A pesar de ello, igualmente continuaron vinculados deportivamente con el «padre» bilbaíno, que continuó incorporando entre sus filas a los jugadores del Athletic Club de Madrid para disputar el Campeonato de España (como es el caso del madrileño Manuel Garnica Serrano, goleador en 1911 de la final del Campeonato de España que se adjudicaría el Athletic Club).
En 1912 surgió la primera versión de la llamada filosofía del Athletic Club, donde solo podrían jugar allí jugadores vizcaínos, dejando de convocar así a los madrileños.
En la temporada 1908-09, al poco tiempo de obtenida la personalidad jurídica propia, el Athletic de Madrid, culminó subcampeón de un título oficial por primera vez, fue en el Campeonato Regional de Madrid, disputado en formato de liguilla donde el Español se consagraría campeón.
Para fines del año 1909, uno de los jugadores del Athletic madrileño, Juan Elorduy, realizó un viaje a Inglaterra. Uno de los motivos del viaje fue el de comprar uniformes para vestir a los dos equipos de camisetas blancas y azules del Blackburn Rovers Football Club. Al no haber en cantidad, decidió adquirir cincuenta camisetas rojas y blancas del Southampton Football Club inglés (ya que dicho equipo mantenía muy buenas relaciones en la época con el Athletic Club).
Luego de su regreso a España, Elorduy entregó veinticinco camisetas al Athletic Club de Bilbao y guardó el resto en la casa de sus abuelos.
El 1 de enero de 1911, disputó un partido amistoso entre el Athletic Club de Madrid y el Athletic Club de Bilbao, terminando en un empate por 2 a 2 en el campo de Lamiako vizcaíno. Durante la cena que compartieron ambos equipos luego del partido, los jugadores del conjunto madrileño le preguntaron a los del equipo vasco si les habían sobrado más camisetas rojiblancas. A lo que Elorduy recordó que había dejado guardadas en casa de sus abuelos una caja con veinticinco uniformes que trajo desde Inglaterra. El tejido era de lona, con cordones y sin cuello.
Finalmente el Athletic de Madrid estrenaría el 22 de enero de 1911 por primera vez en competición estos nuevos colores, en la segunda edición de la Copa Rodríguez Arzuaga, ante la Real Sociedad Gimnástica Española. El partido no se terminó porque la Gimnástica se retiró luego de que el árbitro convalide un gol polémico que suponía la victoria para los rojiblancos.
Este cambio de color en el uniforme también actuó como motivador de ambos clubes, vizcaíno y madrileño, los cuales también modificaron hasta sus respectivos escudos. A pesar de ello, al club madrileño, continúo utilizando el azul en sus pantalones de forma definitiva desde 1921.
En 1911 el Athletic Club de Bilbao ganaría el Campeonato de España con la ayuda del goleador Manuel Garnica del Athletic Club de Madrid gracias a que jugó «prestado».
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